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O futuro “técnico” de Eugene Kaspersky foi determinado por sua paixão pela matemática. Um de seus passatempos durante a adolescência era resolver problemas que apareciam em publicações matemáticas. Durante os últimos anos do ensino médio, assistiu aulas extracurriculares de física e matemática em um programa exclusivo organizado pelo Instituto de Física e Tecnologia de Moscou. Eugene passou os dois últimos anos do ensino médio participando de cursos de física e matemática em um programa especializado para alunos especiais organizado e afiliado da Universidade Estadual de Moscou.
Em 1987, Eugene se formou no Instituto de Criptografia, Telecomunicações e Ciências da Computação, onde estudou matemática, criptografia e tecnologia de computação, se graduando em Engenharia matemática.
Depois de se formar, Eugene trabalhou em um instituto de pesquisas multidisciplinar. Foi lá que ele começou a estudar pela primeira vez os vírus de computador, depois de detectar o vírus Cascade no seu computador, em outubro de 1989. Eugene analisou o vírus e desenvolveu um utilitário de desinfecção; o primeiro utilitário desse tipo desenvolvido por ele. Começou então a coletar programas maliciosos e módulos de desinfecção para eles. Posteriormente, essa coleção exótica formou a base do famoso banco de dados de antivírus do Kaspersky Anti-Virus. Atualmente, esse banco de dados inclui mais de 1,3 milhões de registros, sendo um dos mais completos do mundo.
Em 1991, Eugene ingressou na KAMI Information Technologies Center, onde ele e um grupo de colegas desenvolveram o projeto do antivírus AVP, que se tornou o protótipo do Kaspersky Anti-Virus. O reconhecimento internacional do projeto chegou em 1994, quando o praticamente desconhecido AVP ganhou um concurso realizado pelo laboratório de testes da Universidade de Hamburgo, demonstrando uma taxa de detecção de vírus superior à dos programas antivírus mais conhecidos da época.
Em 1997, Eugene e seus colegas decidiram estabelecer uma empresa independente, tornando-se fundadores da Kaspersky Lab.
A partir de então, ele chefiou a pesquisa de antivírus da empresa.
Em 2007, Eugene foi nomeado CEO da Kaspersky Lab.
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